12月2日，载淳正式登基，两宫太后开始垂帘听政，慈禧太后还宣布废除八大臣原拟的祺祥年号，改为同治元年，并让恭亲王奕欣辅政，形成了“太后垂帘，亲王辅政”的统治局面。

在这场政变中，慈安太后选择支持慈禧太后，一方面是因为八大臣的嚣张跋扈让她感到气愤，他们不把孤儿寡母放在眼里，甚至“擅坐御位”，这种行为严重挑战了皇室的权威；

另一方面，慈安太后也希望通过与慈禧太后合作，为同治帝亲政提前清除障碍，确保同治帝能够顺利掌握政权。辛酉政变的成功，标志着慈禧太后迈出了掌握权力的关键一步，也为她日后的政治生涯奠定了坚实的基础。

垂帘听政初期，慈安太后和慈禧太后在一定程度上进行了合作，共同治理国家。她们整顿吏治，破格重用以曾国藩为首的湘军集团和其他地方的汉人军事集团。

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当时，太平天国运动席卷大半个中国，清朝的统治岌岌可危。慈禧太后力排众议，授权曾国藩督办四省军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。

曾国藩又推荐了左宗棠和李鸿章，这些汉人将领成为抵抗太平军的重要力量。在他们的努力下，太平天国运动逐渐被镇压，清朝的统治得以暂时稳定下来。

同时，慈禧太后还支持洋务运动，以同治皇帝的名义颁发上谕，正式宣布“借师助剿”的政策方针。为了引进西方近代技术设备。

清政府于1862年在北京设立同文馆，又在上海、广州设立方言馆。

1866年，恭亲王奕欣上折请在同文馆内添设一馆学习天文、算学知识，慈禧太后批示同意。此后，奕欣再上折明确提出“学西学，制洋器为自强之道”，也得到了慈禧太后的批准。

在这一时期，慈安太后在一些重大决策上发挥了重要作用，比如在诛杀陷城失地、临阵逃脱的两江总督何桂清，赐死骄蹇贪淫的胜保等事件中，都是慈安太后的意思。在两宫太后的合作下，清朝出现了一段相对稳定的时期，史称“同治中兴”。

随着时间的推移，慈禧太后的政治野心逐渐膨胀，她不再满足于与慈安太后共同掌权的局面，开始不断试图扩大自己的权力，这与慈安太后产生了矛盾。尽管慈安太后对权力不像慈禧太后那么热衷，但她毕竟是正宫太后，在一些重大事务上仍具有决策权。因此，两人在权力的分配和争夺上存在着潜在的冲突。

安德海事件成为了两人矛盾激化的导火索。安德海是慈禧太后身边的大太监，他倚仗慈禧太后的宠信，胡作非为，不仅在宫中嚣张跋扈，还干涉朝政，引起了众多官员的不满。

1869年，安德海违反祖制，私自出宫，一路招摇过市，敛财受贿。山东巡抚丁宝桢得知后，将此事上奏朝廷。慈安太后得知后，不顾慈禧太后的面子，下旨处死了安德海。这一事件让慈禧太后感到颜面尽失，两人之间的矛盾进一步加深。此后，慈禧太后虽然表面上对慈安太后依然恭敬，但内心对她的不满和怨恨却与日俱增。