戚继光的晚年颇为凄凉。张居正病逝后，戚继光受到牵连，被调往广东，最终在穷困潦倒中离世。

李成梁则因后期在边事上的一些失误，以及放纵努尔哈赤势力的崛起，受到了诸多指责。

这段历史见证了两位名将的辉煌与坎坷，他们的功绩与遭遇都成为了明朝历史中不可磨灭的印记。

当时间来到万历皇帝执政的中期，之前的繁荣安宁开始面临新的挑战与考验，形势变得复杂起来。

“国本之争”则是围绕着皇长子朱常洛的册立问题展开。万历皇帝宠爱郑贵妃，欲立郑贵妃之子朱常洵为太子，而大臣们依据封建礼法，坚持应立皇长子朱常洛为太子。这场争论持续了多年，众多大臣纷纷上书谏言，导致万历皇帝与大臣之间关系紧张。

最终以朱常洛被立为太子而告终，但这场旷日持久的争斗使得朝廷内部党争加剧，政治风气败坏，也为明朝后期的政治危机埋下了隐患。

朱翊钧亲政后，对冯保和张居正进行了清算。冯保作为司礼监掌印太监，张居正作为内阁首辅，二人在万历初期权势显赫，推行了一系列改革措施。

万历十年六月，张居正去世后，朱翊钧亲政。为了树立威严，他着手清算内廷势力极大的大太监冯保，将其罢去东厂提督的职位，押到南京软禁，抄没家产。

随后，群臣对已故的张居正发起了攻击。万历十一年，朱翊钧看了有关张居正的狱词后，剥夺其太师等职位，并斥其子为民。之后又追夺张居正的谥号，抄没其家，将张居正的罪状告示天下，甚至把张居正的尸体从棺材里挖出暴晒，流放其后代。

在“争国本”事件后，朱翊钧竟多年不上朝，深居简出，不理政事。据史料记载，他连续多年不上朝，甚至出现了“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署数年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人”的局面。

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党争在这一时期也愈演愈烈，以东林党、浙党、齐党等为代表，各方为争夺权力互相攻击。在处理“梃击案”时，不同党派各执一词，使得案情扑朔迷离，真相难以查明，极大地消耗了朝廷的精力。