因为万历的放任不作为，不仅导致万历朝地方民政管理失控无序，思想文化方面更是有过之而无不及。
思想文化方面，像满清康雍乾动不动因莫须有的文字过渡解释而九族消消乐不得行，但过渡的放任不管，更是不行，文化上面或许是繁荣了，但人心散了，队伍也就不好带了。
朱由校并不是要搞什么禁止民间有不同声音的文字狱，而是要规范指引这些书院合理传播思想与文化，这些书院可不是后世的综合性大学，而是专为考取功名从而出仕为官的科举速成班。
对于这种政治目的十足的私人书院，朱由校自然是不会对他们关停感到任何惋惜的。
这些为了科举而存在的书院，既不研究如何提升农作物高产，也不研究如何提升手工业的工作效率，他们研究的只有如何更快捷地考上举人与进士，如何在官场中拉帮结派，从而不断地往上爬，并结成一个个的政治小团体。
这些人高喊‘万般皆下品惟有读书高’，他们所歌颂的读书只不过是科举要考的四书五经，以及过往科考中的优秀时文，最终目的还是为了做官，从而形成新的可藐视千万人的官僚士绅。
他们对于民族与人类的发展，提不出切实可行的解决方案，反而蔑视与阻碍它们的发展。
不废除这些不受控的私立书院，不仅继续造成大明官场的思想混乱，加剧党争，同时也会阻碍朱由校将要推行的改革科举内容，以及综合性教育与全民义务教育。
朱由校本还不想这么快整顿天下书院的，但谁让冯从吾刚好又撞到了枪口上，这种大好机会，朱由校可不会轻易错过，正好借此名义先整顿民间私立书院。
直到这时，朱由校算是彻底理解了张居正主政时为何要关停天下书院的想法。
对于皇帝关停东林、首善与岳麓书院，方从哲三人完全可以理解，但借机关停整顿天下所有私人书院，三人一时不知该如何反驳。
虽然他们主观上不希望朝廷限制书院的自由，但从政多年的他们自然明白由朝廷统管私立书院的好处远远大于坏处，三人中方从哲曾经就有过多年在私学讲学的经历，感受自然也就也更深。
见三人默不作声，朱由校不满地朝一旁的刘时敏说道：“将此旨意抄录给礼部尚书顾秉谦，让他明年在年度会议的时候，拿出切实可行的办法！”
“是，皇爷，奴婢遵旨！”刘时敏躬身回道。