与此同时，废除大部分的卫所与军户，裁撤下来的卫所兵精选青壮并入营兵与守城军，其他的人则直接转为民户。
作为西北门户的宣大，对原有的营兵也要进行重新筛选与整顿，对于吃空饷与喝兵血的现象一律根除，对于各武将的家丁全部打散重组，重新组建标兵营、奇兵营、援兵营与游兵营。
为了避免引起整个宣大的军队暴动，朱由校让孙承宗先从宣府镇开始，之后是处于后方的山西镇，最后才是直面土默特诸部的大同镇。
而宣府的禁军第三营与十二营，第三营驻扎宣府，第十二营驻扎张家口堡。
剩下的家丁与卫所精壮朱由校让他再组建三个援兵营与四个游兵营，总人数两万一千人。
禁军加整顿后的宣府原军队，战兵总人数将达到三万两千两百人，加上保留的卫所兵，总人数超过了五万人。
整顿后的宣府营兵薪俸定为禁军的八成，卫所兵没有薪俸但不用再向军镇缴纳任何税赋，并且朝廷也免费发放武器，他们只用守护好他们的驻地，有战事发生时配合营兵作战即可。
为了避免武将继续兼并卫所兵的土地，朱由校将所有卫所兵所属的土地划拨到都督府直管，军户只有田皮与耕种权。
收到朱由校书信的孙承宗，没有急着整顿宣府军政，而是先配合锦衣卫缉拿涉嫌非法走私的文官武将。
在许显纯等人到达宣府后，孙承宗以召开军议的名义召集宣大所有巡抚、兵备、知府、押运官、总兵、副将、参将、游击等主要文武官员到宣府。
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