2017年，16岁的乙骨犹太被青梅竹马祈本里香死亡后而化作的特级咒灵附身，为解除爱人的诅咒，被特级咒术师五条悟引入咒术高专就读。

与此同时，曾被高专所驱逐的最恶诅咒师夏油杰为清除所有非术师，打造一个只有术师的世界为目标，盯上了怨灵里香。

2017年12月24日，夏油杰发动百鬼夜行，在京都与东京新宿放出大量咒灵，自己来到

咒术高专夺取里香，但被乙骨重伤，最后由高专时期的挚友五条悟亲手杀死。

乙骨终究解开里香身上的诅咒，便与已经成佛的里香告别，自己则继续在咒术高专进行学习。

【正篇】

因吞下诅咒之王两面宿傩手指而成为宿傩容器的虎杖悠仁，为收集所有的手指而进入咒术高专学习。

与同级生伏黑惠，钉崎野蔷薇一同来到少年院进行营救任务。

但任务途中突然出现了特级咒灵，为保护伏黑惠和钉崎野蔷薇，虎杖悠仁在确保两人离开的情况下与宿傩交换，宿傩暂时获得了身体的掌控权。

他找到少年院外的伏黑惠，掏出虎杖心脏做威胁并与伏黑惠战斗，在过程中意外发现了伏黑惠身上存在的某种可能性。

千钧一发之际虎杖交换身体，但因心脏被掏出而死亡。

虎杖在宿傩的生得领域与其见面，宿傩以复活虎杖力前提，提出喊出“契阔”时与虎杖交换一分钟身体的束缚，并让虎杖忘记这个束缚。

虎杖拒绝后答应用战斗决胜负，随后被宿傩秒杀，与此同时束缚成立，虎杖得以复活。

【游鱼篇】

复活后的虎杖在五条悟的指导下进行秘密特训，随后与五条悟的后辈七海健人一同执行

神奈川县某电影院的命案，在调查中发现一位名为吉野顺平的少年在案发现场于是故意接近他并逐渐变得要好起来。

吉野顺平的母亲在某天遭到咒灵袭击而身亡，随后因收到特级咒灵真人的恶意诱导而误以为是学校经常霸凌自己的学生所为，于是决定在学校进行复仇。