徐长卿这边，自那日听闻了僧道之患后，便越发好奇，决定要深入去了解一下这其中的详情。他先是去拜访了城中一位颇通古今之事的老学究，想着从他那里打听些过往关于僧道的规制以及如今变化的缘由。老学究见他有心了解，便热情地接待了他，引经据典地说道：“长卿啊，这僧道之事，古已有之，原本僧道修行，是为了弘扬佛法、道法，劝人向善，于世间也是有益之事。可如今呀，这规制乱了，人心也跟着乱咯。往昔那《大明律》中对僧道的管理也是有诸多细则的，比如出家得有凭证，寺庙道观的修建得经过官府准许，人数也有定数，就是怕出了乱子呀。可如今，你瞧瞧，这城里城外，到处都是新建的寺庙道观，那僧道的人数，就跟那春笋似的，蹭蹭往上涨，这里头的门道可就深了呀。”
徐长卿听得认真，不时点头，又问道：“那老先生，您可知这僧道人数增多，除了百姓为避赋税劳役，还有别的缘由吗？”老学究捻着胡须，缓缓说道：“这缘由嘛，自然还有。有些寺庙道观的住持、观主，为了扩充自家的势力，多收些香火钱，便放宽了收人的门槛，也不管来者是否真心，只要给了钱，便都收入门下了。还有啊，这市面上有些不法之徒，觉得披上僧道的外衣，行事更方便些，便也混了进去，这一来二去，可不就乱套了嘛。”徐长卿听了，心中越发觉得这僧道之患必须得整治了，不然这南京城的安稳怕是都要受影响。
从老学究那儿离开后，徐长卿又去了几处偏远些的寺庙道观，佯装成香客，与那些僧道们攀谈，暗中观察他们的日常行为。在一处小寺庙里，他发现有几个僧人在禅房里偷偷聚在一起喝酒吃肉，全然没了出家人的样子。徐长卿心中气愤，却也不好当场发作，只得暗暗记下。在另一处道观里，他看到有道士在和当地的一些地痞流氓称兄道弟，似乎关系颇为密切，徐长卿心想：“这道观怕是和这些人有什么勾结呀，难怪百姓对僧道有些怨言了。”
经过这一番查访，徐长卿将自己了解到的情况都一一记录下来，想着要找个办法把这些告知朝廷，也好让朝廷能更清楚地知晓这僧道之患的严重性。可他只是个画师，平日里与朝廷官员并无往来，如何能将这些情况递上去呢？他为此愁眉不展，茶饭不思。
一日，徐长卿在城中的画馆里与人交流画作时，偶然结识了一位在官府当差的小吏，名叫赵六。两人聊得颇为投机，徐长卿见他为人正直，便试探着将自己了解的僧道之患的情况说了出来，还拿出自己记录的本子给他看。赵六看后，大为震惊，说道：“徐兄，你这收集的情况可太重要了呀，我在官府当差，也听闻朝廷有意整治僧道，可具体情况还了解得没你这般详细呢。我看啊，你可以把这些整理成一份文书，我帮你试着递到上司那儿去，说不定能帮上大忙呢。”徐长卿一听，大喜过望，连忙道谢，说道：“那就劳烦赵兄了，若能借此让朝廷整治好这僧道之患，那可真是再好不过了呀。”
于是，徐长卿赶忙回家，精心整理了那份文书，将自己所见所闻，以及从老学究那儿听来的关于僧道规制的事儿都详细地写了进去，还附上了自己画的几幅描绘寺庙道观乱象的画作，希望能让官员们更直观地了解情况。赵六拿到文书后，便通过官府的渠道，层层往上递，最终递到了负责商讨僧道之患整治事宜的官员手中。
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那些官员们看到徐长卿的这份文书后，都十分重视，觉得这来自民间的一手资料详实又生动，对他们了解情况很有帮助。当下，便决定依据这些情况，再派出更专业的人员，去各地进行更深入、更全面的查访核实。
这一查，果然发现了诸多触目惊心的问题。有的寺庙道观打着慈善的幌子，暗地里却放高利贷，剥削那些穷苦的百姓；有的僧道借着做法事的机会，骗取百姓的钱财，还蛊惑人心，宣扬一些歪理邪说；更有甚者，一些寺庙道观竟然私藏兵器，仿佛有着不为人知的野心。朝廷得知这些情况后，大为震怒，决心要严厉整治这僧道之患，绝不姑息迁就。
随着朝廷整治行动的展开，南京城的僧道们也感受到了前所未有的压力。那些有问题的寺庙道观纷纷想办法遮掩，有的销毁账目，有的转移私藏的财物，还有的试图贿赂前来查访的官员。但朝廷此次是下了大力气，派出的官员皆是清正廉洁、刚正不阿之人，对这些行为一概严词拒绝，并且加大了清查的力度。
在一座大寺庙里，住持见朝廷查得越来越严，自己平日里那些见不得人的勾当怕是要被全部揭露出来了，竟心生一计。他召集了寺庙里一些不明事理的僧人，蛊惑他们说：“朝廷这是要灭我佛门啊，咱们若是不反抗，往后就没活路了，大家都跟着我，一起去和朝廷理论理论，让他们知道咱们也不是好欺负的。”那些僧人平日里对住持言听计从，一听这话，也没多想，便跟着住持一起，在寺庙门口聚集，阻拦朝廷官员进入查访。
徐长卿听闻了这事儿，心急如焚，赶忙赶到那寺庙前。只见寺庙前一片混乱，僧人们手持棍棒，与官兵们对峙着，气氛十分紧张。徐长卿挤进人群，对着那些僧人喊道：“诸位大师，你们这是做什么呀？朝廷整治僧道，是为了去除乱象，让真正修行之人能安心修行，让那些不法之徒受到惩处，你们这般抗拒，只会让事情变得更糟啊，快放下棍棒吧。”可那些僧人此时被住持煽动得情绪激动，哪里听得进去徐长卿的话，依旧与官兵们僵持着。
就在这时，带队的官员见劝说无果，为了防止事态进一步恶化，便下令官兵采取行动，强行驱散了那些闹事的僧人，将寺庙住持及相关涉事人员一一擒获。经过一番彻底的清查，这座寺庙的种种恶行都被公之于众，百姓们得知后，纷纷拍手称快，都说朝廷这是做了一件大好事。