但为了预防万一，公公还是命令近卫师团抽调两个大队配合台湾警备师团第一旅团作战。

按计划，第一旅团的第一联队负责新竹千户所，第二联队负责宜兰千户所，近卫师团的两个大队负责桃园千户所，在占领并完全肃清这些地区的敌对土著民后，第一旅团正式转为台北卫警备旅团，组织当地汉民和亲近土著民恢复生产生活，为随后的台南、台中“扫荡”提供有力支援。

作战计划下发后，第一旅团便磨刀霍霍。与此同时，居住在台北卫各地的野人土著民收到了明军的通知，命令这些部落即刻派员同就近明军接触，接受明军指挥，登记户口黄页，并领取他们的身份证明。

身份证明为一纸写有姓名，年龄，籍贯地址的黄纸，基本和明朝百姓所持有的黄页相同，但却多了一个民族栏目。

根据魏公公的指示，民族一栏统一填写为汉族。即凡自愿接受大明统治的部落，无论之前是什么番，什么人，从今往后一律为汉人。

成为汉人后，土著民便享受明军的保护，也享受皇明百姓所享有的一切待遇，同时也承担向大明纳税的义务。

福建巡抚黄承玄听说此事后，颇有疑虑，致信魏公公称野人土著民不服王化，不懂汉字，不说汉话，其部落又大小数十个，习俗更是不同，若强硬将他们定为汉民，使他们改姓改俗，是否会激起土著民的反抗，凭添无谓伤亡？

黄中丞意不若以所在地区为民，称何地人，如住高山之上便为高山人，住丘谷之中便为丘谷人，只要他们不强硬反抗官兵，便可视情况给予一些尊重和照顾。这样想来不但可以得到土著民的支持，也能不致朝堂弹劾。

魏公公却道：“今岛上汉少土多，土汉矛盾又积百年，此我三省联兵登岛，便为永久纳台湾于我皇明版图之内。如此，则岛民必须尽使其服我明治，教其汉话，汉俗，使岛民尽如我汉人一般，此才为长治久安之道。

否则，他日若有动荡，则尽曰我非汉人，与尔汉人非同宗也非同种，汉人乃是外来者，东番之地非中国所有，鼓噪我汉人离岛，必酿叛乱。故不若于初始便定良策，以强硬推行良策，则二三十年后岛上尽皆汉人，尽以汉人为豪，后来者再不复隐忧。”

魏公公称此策为“改土为汉”，黄承玄见回信后联想湖广各地的改土归流之策，遂未再加反对。

“改土为汉”政策首先推行的地区是靠汉民的亲近土著民地区，这些地区的土著民因为和汉民接触交流，婚姻嫁娶，从而得到了汉人耕种的技术，部落生活为之改观。加之又多在台湾沿海地带，知晓海之对面明朝的强大，又见明军大举登岛，晓得大势所趋，所以基本上都愿意遵照明军吩咐“改土为汉”。

各地明军按照大本营的命令，也迅速在沿海地区建立了“村乡所”的地方政权模式，即各千户所下面不设百户所，而设乡和村。各乡又设乡长和村长负责乡村治理，受命于千户所，千户所又受命于卫。乡、村长人选由原有汉民和亲近土著民的首领出落，明军不干涉。

总体上，这是魏公公军民合一的治理思路，适合眼下台湾的实际情况。将来，这种体系肯定是不合适的，军政还是要分开的，但那至少是五十年后的事了。