永乐十九年迁都北京后，命中军都督府掌事官守备南京，当时的官名为“节制南京诸卫所”。

仁宗即位后，以襄城伯李隆镇守南京；宣德时期，改“镇守”为“守备”，并规定南京守备例由公、侯、伯等勋贵担任，同时南京守备还要兼领中军都督府。

对于南京守备的职能，是有具体记载的：“凡南京守备一应机务，每日会同参赞官于守备厅署理。每月朔望日，守备、参赞等官及各府堂官会同内守备，议合行事务。”

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从这里不难看出，“南京守备厅会议”便是最高的权力机构，故而后来《明史》中才有了“南京以(内、外)守备及参赞机务为要职”的说法。

具体而言，参赞机务的设置是晚于守备的，最早应该是在正统初年才有。根据记载，宣德十年：“英宗即位，命少保、南京户部尚书黄福参赞机务。”

明中期时，朝廷认为南京高层的权力还是过于集中，便于景泰三年增设协同守备一人，也以公、侯、伯等勋贵担任。按例，协同守备也会兼领五府事。

成化时期，朝廷下旨令南京兵部尚书兼任参赞机务一职，此后形成定制[注：这里注意一下，之前黄福是以南京户部尚书参赞机务，而从这里开始，就明确由南京兵部尚书来兼任了]。如此一来，南京兵部尚书的地位得以提高，位列南京六部之首。

众所周知的例子是，在原历史上明朝灭亡前后，南京兵部尚书史可法被推举为南京首脑人物，原因无他，正是因为史可法兼着参赞机务的要职。

明代皇帝对文官的态度比较奇怪，依赖的同时又用各种手段限制，信任的同时又非得找人制衡，这也正是宦官得以干预朝政的原因。

在对待南京官制方面自然也是如此，南京作为留都，又是国家财赋的重点区域，皇帝当然也不放心把南京交给勋贵掌管，何况这南京的勋贵都是开国系勋贵，在信任程度上来说本就比不过靖难系勋贵。而正如前面所言，皇帝对于南京六部的文官，也同样是心存制衡之念。

于是在设南京守备不久之后，即仁宗即位之初，便派出内廷太监守备南京——郑和便是第一任南京守备太监，此后又增设副守备太监一人。实际上晚明时期因为太监势大，副守备太监最多的时候甚至达到六七人。

最后回到前面的问题，参赞机务与南京守备勋臣、南京守备太监谁才是南京真正的一把手？参赞机务的“参赞”首先就排除了南京兵部尚书，毕竟“参赞”本来就是“参与赞画”之一，是个“协助”性质的职务。

这样一来就剩下内、外守备。表面来看，南京守备勋臣与南京守备太监是一个级别的职务，两者因为分了内外，也就互不统属。但之前说过，守备太监是司礼监的外差，其本人是在司礼监挂职的，有了这层显而易见的亲疏之别，南京守备勋臣的实际地位就大打折扣了。

还是那句话：权力结构是个同心圆，离核心越近的圈层，权力地位就越高。所以，为什么下级一把手往往还要对上级领导的秘书客客气气甚至恭恭敬敬？因为秘书离领导更近。

内阁本来只是个皇帝的顾问机构，为何现在反而成了领导六部的“相府”？因为内阁离皇帝更近。

在这样的情况下，明中期以后，每次举行“南京守备厅会议”时，守备太监往往列在第一位，这也证明守备太监的地位高于南京守备。

而南京兵部尚书参赞机务则很有意思，在官员上疏论事要提及南京三大重臣之时，其往往名列第一，但在实际参加“南京守备厅会议”之时，他却多半排名最后。

至于要说实权，那就要分太多种情况，很难说得清楚了。不过假设只说寻常时刻，那么大致上是这样一个状况：

南京兵部尚书参赞机务职权类似北京兵部，主管南京、南直隶军队的人事、后勤等庶务，不直接掌兵。同时往往对南方诸省军务有一定话语权，可以对北京中枢给予建议；

南京守备勋臣管理中军都督府所辖四十九个卫所，职权类似于北京的五军都督府，统而不管。南京城防他也有名义上的统领权，但同样是统而不领，除非有皇命让他领兵作战(很少，几乎没有过)。