崇祯元年（1628年），魏忠贤伏诛后，袁崇焕被重新起用为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽兼督登莱、天津军务，后提出“五年复辽”方略。袁崇焕赴任后整肃军纪，曾因毛文龙数次违令而先斩后奏。

崇祯二年（1629年），后金绕道古北口进入长城，围攻京师，袁崇焕率领各路援军驰援京师，重创后金于广渠门外。但崇祯帝听信谗言，中后金皇太极的反间计，认为袁崇焕与后金有密约，将其以通敌谋反等罪名逮捕入狱。崇祯三年（1630年），袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。

努尔哈赤迎娶叶赫部首领的小女，稳住叶赫部，避免其过早干预自己统一建州女真的进程。而对于附近的建州女真其他部落以及相对较弱的海西女真哈达部等，他则集中力量进行征服。

利用各部落之间的矛盾和利益冲突，进行分化瓦解。对于主动归附的部落和人才，努尔哈赤采取厚待的政策。如，苏完部长索尔果、董鄂部长何和礼、雅尔古部长扈尔汉率三部军民归附努尔哈赤后，他厚待来投之诸部首领，以索尔果之子费英东为一等大臣、将长女许配给何和礼、并收扈尔汉为养子，赐姓觉罗。对于反抗的部落，则坚决予以打击。

努尔哈赤开始修建宫室、布施教令、订立法制，实行八旗制度加强对女真各部的整合和控制，为统一战争提供了强大的军事保障。建立起初步的政权架构。这不仅提高了自己的统治地位，也为统一女真各部提供了政治基础。

努尔哈赤在明万历四十四年（1616 年），赫图阿拉称“覆育列国英明汗”，年号天命，期间建立后金，割据辽东，并在萨尔浒之役后迁都沈阳，之后席卷辽东，攻下明朝在辽七十余城。

他的功绩对满族共同体的形成、各民族间经济文化的交流以及辽东经济的发展，都起到了积极作用。建立了议政王大臣会议。从此，他成为了后金的最高统治者，带领着女真族人民踏上了新的历史征程。

除了额亦都和费英东之外，安费扬古、何和礼等将领也在努尔哈赤的崛起过程中发挥了重要作用。他们共同为后金的建立和发展立下了汗马功劳。努尔哈赤与叶赫部的联姻，为他争取到了重要的支持。

努尔哈赤于1626年9月30日去世，享年68岁。 1626年7月中旬，努尔哈赤身患毒疽，前往清河汤泉疗养，但病情恶化。他决定返回沈阳，8月11日，在乘船顺太子河而下时，于叆鸡堡（今沈阳市于洪区翟家乡大挨金堡村）病逝。

努尔哈赤的死因一直以来备受争议，在那场惊心动魄的宁远之战中，后金军队的攻城行动遭到了明军前所未有的猛烈炮击。

宁远城下，炮火连天，八旗兵在明军强大的火力下死伤惨重，血肉横飞。当时，后金军队对于明军的新式火器显然缺乏足够的准备。在这样激烈的战斗场景下，作为后金大军统帅的努尔哈赤亲临城下督战，其受伤的可能性确实极大。

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战场上的局势瞬息万变，流弹横飞，尽管明朝和后金的史书中均无明确记载努尔哈赤受伤，但从战争的惨烈程度以及后金军队面对新式火器时的措手不及来看，很难完全排除努尔哈赤受伤的可能性。

此外，朝鲜人李星龄在《春坡堂日月录》中记载了一个引人深思的细节。朝鲜翻译官韩瑗曾到过明朝，与袁崇焕关系不错且随行赴宁远大战，他亲眼目睹了整个战役过程。据说宁远战事后，袁崇焕曾带着礼物去努尔哈赤的营地看望他，还带了书信挖苦他。

此时的努尔哈赤本就重伤在身，为了不丢面子，他仍强撑着与使者约定再战时期。这样的情节让人们更加相信努尔哈赤在宁远之战中受伤的说法。

但这一说法也确实存在诸多疑点，比如既然当时袁崇焕已知努尔哈赤重伤，且有使者作为证明，那么当时的明廷或袁崇焕为什么不在上书中大书特书这一件事呢？或许是出于战略考虑，不想过早地宣扬此事，以免后金军队在得知主帅重伤后陷入混乱，从而引发更激烈的反扑；又或许是因为证据不够确凿，担心过度宣扬会引起不必要的质疑。

但无论如何，这些疑点都使得努尔哈赤是否因炮伤致死变得更加扑朔迷离。如果努尔哈赤真的在宁远之战中受伤，那么这一伤势很可能成为他最终去世的重要导火索。加上战败后的愤懑情绪以及年事已高，身体的恢复能力减弱，各种因素相互交织，最终导致了他的离世。努尔哈赤的死因之谜或许永远无法完全解开。